不充分治療導致的耐藥突變的自然選擇將會使結核分枝桿菌變成耐藥菌株，隨著敏感結核菌被非最佳方案殺死后，耐藥突變菌株變成優勢菌株。導致治療不充分的因素包括：
1、患者沒有服用全部的藥物；
2、治療方案不恰當；
3、治療藥物中斷或質量不佳。
