1、輔助檢查
判斷結核病患者是否耐藥，需要通過進行痰或胸液、腦脊液、尿液等體液的結核菌培養及藥物敏感試驗，如結果證實體外對一種或多種抗結核藥物耐藥即可診斷為耐藥結核病。如果培養陰性，無法獲得細菌學耐藥結果，根據臨床表現及影像學等檢查結果可以綜合判斷是否治療有效及有無耐藥可能，并酌情按照耐藥方案進行治療。
2、鑒別診斷
因非結核分枝桿菌患者可有類似于結核病的臨床表現及影像學特點，痰抗酸桿菌涂片可陽性，故應注意進行鑒別。對痰涂片陽性的患者，在行抗酸桿菌羅氏培養同時，行菌種鑒定可區分是結核分枝桿菌還是非結核分枝桿菌。如果鑒定為非結核分枝桿菌（NTM），通過進一步行菌種的DNA序列測定即可明確為哪一種非結核分枝桿菌類型。