肝糖原合成途徑兩條。
1)直接途徑：葡萄糖(G)經G-6-P，G-1-P活化為UDPG,在糖原合酶作用下合成糖原，肌糖原合成僅此途徑。三碳途徑，
2）間接途徑：饑餓后補充及恢復肝糖原儲備時，葡萄糖先分解成乳酸、丙酮酸等三碳化合物，再進入肝異生成葡萄糖。肝糖原在糖原磷酸化酶作用下,直接磷酸解成G-1-P,轉變為G-6-P，在肝臟葡萄糖6磷酸酶作用下分解為自由葡萄糖。
肌糖原合成只有直接途徑，因肌肉缺乏葡萄糖6-磷酸酶，肌糖原分解不能直接成糖，可成G-6-P后進入糖酵解途徑，或氧化分解，或生成乳酸后經乳酸循環再利用。