1.肛周濕疹
外觀與本病相似，但發作呈間歇性，局部應用皮質類固醇可以緩解瘙癢癥狀，活檢找不到Paget細胞。
2.肛周Bowen病
為肛周皮膚內鱗狀細胞癌，過碘酸希夫反應（PAS反應）呈陰性，活檢可以鑒別。
3.肛周基底細胞癌
多發生在肛緣，生長緩慢。顯微鏡下可見不同程度角化，中心有鈣化，細胞核大、胞漿少。
4.表淺真菌感染
股癬蔓延到肛周，皮膚損害類似本病，局部應用皮質類固醇治療癥狀不緩解，但抗真菌治療有效，刮屑行鏡檢可以找到菌絲或孢子。
