1.肛周膿腫
肛周膿腫自行潰破或切開引流后造成。
2.直腸肛門損傷
外傷、吞咽骨頭、金屬，肛門體溫計，肛門鏡檢查等損傷肛管直腸，細菌侵入傷口即可引起。
3.肛門裂反復感染
肛門裂反復感染可并發皮下瘺。
4.會陰部手術
內痔注射誤入肌層或手術后感染，產后會陰縫合后感染，前列腺、尿道手術后感染等，均可波及肛門直腸引起膿腫及瘺。
5.結核
既往報道結核病并發結核性肛瘺者甚多。高達26．9%，近年來明顯下降為4%～10%。主要為吞咽結核菌引起，少數也可血行感染引起。
6.潰瘍性大腸炎
7.克羅恩病伴發
克羅恩病伴發肛瘺者高達14%～76%。
8.直腸肛管癌
直腸肛管癌波及深部并發肛瘺。
9.血行感染
糖尿病、白血病、再生障礙性貧血等病，因機體抵抗力降低，常由血行感染引起肛瘺。
10.其他
淋巴肉芽腫，放射菌病，尾骶骨髓炎，直腸、乙狀結腸憩室炎等也可引起肛門直腸膿腫及瘺。