直腸息肉分類均按組織學表現和病理性質劃分。
1、新生物：計有管狀腺瘤、管狀絨毛腺瘤、絨毛腺瘤和家族性腺瘤息肉病。這類息肉是由腸上皮生長的新生物， 極易發生癌變。錯構瘤這類腫瘤是正常組織的異常混合， 一種或數種組織過度生長的腫瘤。包括：幼年息肉、幼年息肉病、黑斑息肉和黑斑息肉綜合征。息肉一般不會惡變， 但息肉病則多會惡變。
2、炎性息肉：即假息肉， 由腸粘膜潰瘍而引起。常見的有：慢性潰瘍性結腸炎、良性淋巴樣息肉和良性淋巴樣息肉病， 屬正常淋巴組織， 與癌變無關。
3、增生性息肉：又叫化生性息肉。是在直腸和結腸粘膜上的無蒂小結節， 可單個孤立， 也可多發， 顏色與周圍粘膜相同， 直徑僅有幾毫米， 一般無癥狀， 多并發腺瘤。
4、綜合征類：該類病在腸胃內有息肉， 在胃腸道外有特殊表現。
5、錯構瘤：這類腫瘤是正常組織的異常混合， 一種或數種組織過度生長的腫瘤。包括：幼年息肉、幼年息肉病、黑斑息肉和黑斑息肉綜合征。息肉一般不會惡變，但息肉病則多會惡變。