1.視診和觸診
檢查時在肛周皮膚上可見到單個或多個外口，呈紅色乳頭狀隆起，擠壓時有膿液或膿血性分泌物排出。外口的數目及與肛門的位置關系對診斷肛瘺很有幫助：外口數目越多，距離肛緣越遠，肛瘺越復雜。
2.直腸指診
確定內口位置對明確肛瘺診斷非常重要。肛門指檢時在內口處有輕度壓痛，有時可捫到硬結樣內口及索樣瘺管。
3.肛門鏡檢查
可直視觀察到感染肛竇的炎癥反應情況，可確定內口的位置，但不能準確定位瘺管的解剖走行。
4.瘺管造影
經瘺管外口注入30%～40%的碘化油，在X線下觀察肛瘺的走行及內口的位置。多用于高位復雜性肛瘺。
5.探針檢查
用一軟質探針自外口插入，探查竇道并尋找內口。需要在麻醉下進行，一般不用做診斷，只在手術中使用。
6.肛內超聲
能清晰顯示腔內黏膜圖像，腸壁解剖結構及內、外括約肌，分辨肛瘺主管走向，支管分布、數量及內口位置。
7.磁共振成像
對高位及復雜性肛瘺診斷效果好，能顯示肛瘺的位置及走向，并準確描繪肛瘺與肛門周圍肌肉的關系。