1.治療原則
肛瘺不能自愈。不治療會反復發作直腸肛管周圍膿腫，因此必須手術治療。治療原則是徹底清除感染的原發病灶，將瘺管全部切開使其引流通暢，形成敞開的創面，促使愈合。手術方式很多，手術應根據內口位置的高低、瘺管與肛門括約肌的關系來選擇。手術的關鍵是盡量減少肛門括約肌的損傷，防止肛門失禁，同時避免肛瘺的復發。
2.手術方式
（1）掛線療法 適合于低位肛瘺和高位單純性肛瘺。也可以作為復雜性肛瘺切開、切除的輔助治療方法。其原理是利用拉緊的橡皮筋的機械作用，使結扎處組織發生血供障礙，逐漸缺血壞死，相當于一個慢性切割過程，同時基底創面開始逐漸愈合。另外結扎線也有一定的引流作用，可使瘺道內分泌物排出。
（2）瘺管切開術 適用于低位肛瘺，常與掛線術一起應用。需將瘺管完全切開，并切除邊緣的瘢痕組織，充分引流，促使傷口愈合。若瘺管分支多，應分期進行手術。因手術不會損失肛管直腸環，故一般不會出現肛門失禁。
（3）肛瘺切除術 適用于低位肛瘺。雖然可去除全部瘺管及其周圍瘢痕組織，但創傷較大、愈合慢，一般不作為首選治療方法。
（4）直腸內黏膜瓣推進關閉內口術 適用于高位肛瘺，尤其是肛門收縮功能減退的患者以及產婦。具有括約肌損傷小，瘢痕小，不需行保護性腸造口，復發率低的優點。
（5）纖維蛋白黏合劑塞充肛瘺 適用于高位肛瘺。操作簡單，不損傷肛門括約肌，不會引起肛門失禁。
（6）其他 近些年出現的利用生物材料進行肛瘺修復的方法，如異種脫細胞真皮基質材料填塞瘺管等，具有微創、不損害肛門功能和外觀的優勢。
3.術后護理
（1）補液 雖然肛瘺手術創傷不大，但受麻醉或腸道準備影響，術后應及時補液，維持水電解質平衡。
（2）抗感染 對于高位復雜性肛瘺或行瘺管切除縫合術等手術創傷較大的患者，術后需應用抗生素預防感染。
（3）坐浴及換藥 不同的手術方式，術后坐浴和換藥時間亦不同。如行掛線療法者，術后第一天開始進行坐浴、換藥；行瘺管切除縫合術者術后一周內每天換藥兩次，不坐浴。