（1）B超檢查為無創性檢查，方便易行，是肝內膽管結石診斷的首選方法。一般在結石遠端的膽管有擴張才能作出肝內膽管結石的診斷，因肝內管道系統的鈣化也具有結石樣的影像表現。
（2）CT\MRCP檢查因肝內膽管結石主要是含膽紅素鈣的色素性結石，鈣的含量較高，故在CT照片能清楚地顯示出來。CT還能顯示出肝門的位置、膽管擴張及肝臟肥大、萎縮的變化，系統地觀察各個層面，可以了解結石在肝內膽管分布的情況。膽管系統內的膽汁屬于相對靜止的液體，MRCP可清晰顯示膽管系統的形態結構。
（3）X線膽道造影是用于肝內膽管結石診斷的經典方法，一般均能作出正確的診斷。X線膽道造影應滿足診斷和手術的需要，一個良好的膽道造影片應能夠全面了解肝內膽管系統的解剖學變異和結石的分布范圍。
（4）逆行胰膽管造影（ERCP）、膽道子母鏡、膽道鏡檢查對肝內膽管結石有明確的診斷及治療價值。