肝素酶（heparinase）是一類作用于肝素或者乙酰肝素分子的多糖裂解酶，編號為EC 4.2.2.－。廣義上的肝素酶既包括微生物產生的以裂解方式降解肝素或硫酸乙酰肝素的酶類，又包括動物體內產生的以水解方式降解硫酸乙酰肝素的內源性（類）肝素酶（heparanase）。
肝素酶主要從一些利用肝素為碳源的細菌中分離得到，最初來源于肝素黃桿菌（Flavobacterium heparinum或Pedobacter heparinus）。此外，在許多微生物中也發現了肝素酶的存在，如棒桿菌（Corynebacterium sp.）、鞘胺醇桿菌（Sphingobacterium sp.）、枯草芽孢桿菌（Bacillus subtilis）、環狀芽孢桿菌（Bacillus circulans）、解肝素擬桿菌（Prevotella heparinolytica）以及糞便擬桿菌（Bacteroides stercoris HJ-15）等。但至今肝素黃桿菌仍然是商品肝素酶的來源。已從肝素黃桿菌中分離純化出的肝素酶有三種，分別為肝素酶I、II、III，這三種酶的酶學特性各不相同。在肝素黃桿菌純化出的三種肝素酶中，只有肝素酶II的結構被解析，它的底物特異性也最差；肝素酶I則最適用于低分子量肝素的制備。