肝膽管結石病也稱肝內膽管結石或原發性肝膽管結石，一般特指始發于肝內膽管系統的結石，不包括膽囊排出并上移至肝內膽管的結石。也不包括繼發于損傷性膽管狹窄、膽管囊腫等膽道疾病所致的肝膽管結石。是膽管結石的一種類型，是指左右肝管匯合部以上各分枝膽管內的結石。它可以單獨存在，也可以與肝外膽管結石并存。一般為膽紅素結石。本病常合并肝外膽管結石；并發膽管梗阻；誘發局部感染及繼發膽管狹窄，使結石難以自行排出，病情遷延不愈。
肝膽管結石病的發病原因與膽道的細菌感染、寄生蟲感染及膽汁滯留有關。此外，膽汁中的黏蛋白、酸性黏多糖、免疫球蛋白等大分子物質，炎性滲出物，脫落的上皮細胞、細菌、寄生蟲、膽汁中的金屬離子等，均參與結石的形成。