(1)腹瀉(diarrhea)：常為吸收不良綜合征的主訴，由未被吸收的營養物質影響腸道功能所致。糖類在結腸中發酵產生腹脹和食欲不振，水分吸收緩慢可致夜尿增多。常伴有腹部不適和腸鳴音活躍。腹痛多見于慢性胰腺炎、腸梗阻性病變或腸缺血者。
(2)體重減輕、乏力、水腫：由于營養物質吸收不足及食欲不振，常表現為體重減輕或體重不增、倦怠、乏力。嚴重持續的營養不良可表現為進行性營養不良、生長發育遲緩、甚至惡病質(dyscrasia)。長期蛋白質吸收不良和不斷地從腸腔丟失血漿蛋白質可引起低蛋白血癥和周圍性水腫。腹瀉嚴重者可出現水、電解質及酸堿平衡紊亂；病程遷延者常出現營養不良、貧血及生長發育障礙。
(3)維生素和礦物質缺乏的表現：如鐵、葉酸或維生素B12 吸收不良所致的貧血，脂肪吸收不良所致的脂溶性維生素K 吸收不良和低凝血酶原血癥而引起的出血傾向(hemorrhagic tendency)，長期維生素D、鈣、鎂缺乏引起的手足搐搦癥(tetany)，脂肪瀉患者可出現骨質疏松或病理性骨折(pathologic fracture)，慢性低鈣血癥可致繼發性甲狀旁腺功能亢進(secondary hyperparathyroidism)，吸收不良患者可由于維生素缺乏而表現為夜盲癥(nyctalopia)、皮膚粗糙及過度角化。