腸桿菌科細菌包括一大群生物性狀相似的革蘭陰性無芽胞桿菌，其中部分為致病菌，如：沙門菌屬、志賀菌屬等；而多數為腸道正常菌群，在一定條件下可以致病，故稱為條件致病菌。
腸桿菌科的分類主要根據生化反應和抗原構造，按照Bergery分類法，分為5個族、12個屬。近年來由于分子生物技術的發展，現已可采用計算機技術分析各種生化反應和比較細胞核DNA的同源性等，在此基礎上，目前腸桿菌科細菌分為25個屬。
腸桿菌科細菌的分類表：
埃希菌屬 志賀菌屬 愛德華菌屬 沙門菌屬
枸櫞酸菌屬 克雷伯菌屬 腸桿菌屬 哈夫尼亞菌屬
沙雷菌屬 變形菌屬 普魯菲登菌屬 多源桿菌屬
莫根菌屬 耶爾森菌屬 克魯菌屬 歐文菌屬
布丘菌屬 西地西菌屬 愛文菌屬 塔特姆菌屬
拉恩菌屬 米勒菌屬 勒克菌屬 勒米諾菌屬