因病原不同而異。一般應根據病史和臨床表現初步加以判斷。進一步確診需依賴實驗室檢查。細菌性腸炎可作嘔吐物及大便培養，獲得病原菌即可確診。有些病原菌如沙門菌感染可作血培養。病毒性腸炎可用電子顯微鏡、免疫電鏡、免疫熒光及血清學檢查如補體結合試驗、酶聯免疫吸附法及放射免疫法等檢查病毒的抗原和抗體。寄生蟲性腸炎可直接鏡檢，尋找病原體及其蟲卵。真菌性腸炎可從大便中直接涂片，在顯微鏡下檢查真菌或作大便真菌培養。
