一般而言，腸球菌的毒力不高。與金黃色葡萄球菌和化膿性鏈球菌相比，腸球菌對大多數動物的半數致死量（LD50）值相當高，而且腸球菌很少引起蜂窩織炎和呼吸道感染。
腸球菌只有在宿主組織寄殖，耐機體非特異及免疫防御機制，并引起病理改變，才能導致感染。粘附測定顯示腸球菌可通過細菌表面表達的為粘附素，吸附至腸道、尿路上皮細胞及心臟細胞。這些粘附素的表達亦受細菌生長環境的影響。另外，腸球菌可產生一種聚合物質（系一種蛋白表面物質，可聚集供體與受體菌，以利質粒轉移），在體外增強其對腎小管上皮細胞的粘附。
細菌生長環境亦影響腸球菌與多形核白細胞反應。血清中生長的腸球菌與多形核白細胞反應較弱，而肉湯中生長的細菌反應較強。體外多形核白細胞對腸球菌的有效殺滅作用需血清補體蛋白參與，而抗腸球菌抗體可增強該作用。
腸球菌可生產許多與宿主病理改變有關的因子。糞腸球菌產生的多形核白細胞趨化因子可介導或至少是部分介導通常與腸球菌感染有關的炎癥反應。腸球菌亦可產生一種質粒編碼的、可增加感染嚴重程度的溶血素。另外，腸球菌能誘發血小板聚集及細胞因子依賴纖維蛋白的產生，這可能與腸球菌心內膜炎的發病機制有關。關于腸球菌的致病性仍有待進一步研究。