1.免疫抑制劑
目前在臨床中，柳氮磺胺吡啶多作為首選藥物，主要是此藥對腸道病變本身即有良好的療效，此外甲氨蝶呤、來氟米特、硫唑嘌呤等藥物亦有廣泛應用。
2.生物制劑
有研究表明英夫利昔單抗對于60%的克羅恩病有顯著的療效，而依那昔普效果不佳。同時，生物制劑對于潰瘍性結腸炎似乎無效。
3.非甾體類抗炎藥
雖然在廣泛使用而且耐受良好，但是，由于有證據表明它們增加腸道通透性，從而可能使腸道炎癥加重，所以此類藥物的使用應該慎重。
4.糖皮質激素
部分患者可酌情加用糖皮質激素治療。
