1.克羅恩病
本病的臨床表現、X線及內鏡所見常和腸結核酷似，必須仔細鑒別。鑒別要點包括：①無腸外結核證據；②有緩解與復發傾向，病程一般更長；③X線發現病變雖以回腸末段為主，但可有其他腸段受累，并呈節段性分布；④更多并發瘺管或肛門直腸周圍病變；⑤抗結核藥物治療無效；⑥臨床鑒別診斷有困難而行剖腹探查者，切除標本及周圍腸系膜淋巴結均無結核證據，即有肉芽腫病變而無干酪樣壞死，鏡檢與動物接種均無結核分枝桿菌發現。
2.右側結腸癌
本病比腸結核發病年齡大，常在40歲以上。一般無發熱、盜汗等結核毒血癥表現。X線檢查主要見鋇劑充盈缺損，病變局限在結腸。結腸鏡檢查及活檢可確定結腸癌診斷。
3.阿米巴病或血吸蟲病性肉芽腫
既往有相應感染史。膿血便常見。糞便常規或孵化檢查發現有關病原體。結腸鏡檢查多有助鑒別診斷。相應特效治療有效。
4.其他腸結核
有時還應與腸惡性淋巴瘤、耶爾森桿菌腸炎及一些少見的感染性腸病如非典型分枝桿菌（多見于艾滋病患者）、性病性淋巴肉芽腫、梅毒侵犯腸道、腸放線菌病等鑒別。以發熱為主要表現者需與傷寒等長期發熱性疾病鑒別。