1.血液檢查
周圍血象白細胞計數大多正常，在某些腸道病毒感染時可增高，中性粒細胞也可增多。
2.病毒分離
一般都采取咽拭及糞便作病毒分離和檢定，尚可從病人的腦脊液、胸腔積液、心包積液、血液、皰漿以及活檢或尸檢取得的組織中分離到病毒。標本取得后，應立即送檢。可接種于猴腎、人胚腎、人羊膜、人二倍體或Hela細胞、KB傳代細胞中進行組織培養，觀察細胞病變。同時用多種組織培養細胞進行分離可提高陽性率。陽性標本再以特異型的免疫血清作中和試驗進行型別鑒定。疑有柯薩奇A組病毒感染者，應將標本經皮下、腹腔內或腦內途徑接種乳鼠進行病毒分離，因其組織培養陽性率不高。柯薩奇B組病毒亦可使乳鼠致病。
3.血清免疫學試驗
采取雙份血清，測定型特異抗體水平。一般可用中和試驗、補體結合試驗、酶聯免疫吸附試驗（ELISA，酶標法）、放射免疫等法進行測定，其中以中和試驗最為可靠，中和抗體消失最慢，型特異性也較強。如恢復期抗體水平比早期有≥4倍上升，則有極大的診斷意義。
4.免疫熒光快速診斷法
以熒光染色的免疫抗體來鑒定抗原可達到快速診斷的目的。但目前除在脊髓灰質炎病毒感染時應用外，在腸道病毒感染時采用不多，因需備各種型特異的免疫血清，手續繁多。最近采用許多血清型共有的VP3-ZC抗原和一種與多血清型的VP1衣殼蛋白交叉反應的單克隆抗體，改進了免疫診斷方法，但目前仍停留于研究階段。
5.核酸雜交法
由于不同血清型的腸道病毒基因組間存在同源性，特別是5′端非編碼區部分區域高度保守，故可供核酸雜交，使近年來對腸道病毒鑒定有了新的飛躍。近年采用PCR法將單一基因或短DNA序列放大，再與探針雜交，此法已應用于臨床。在腸道病毒中樞神經系統感染流行時，從腦脊液中檢測腸道病毒RNA，陽性率高，可在24小時內得結果，比病毒培養平均需6～8天快得多。臨床標本用PCR擴增后，再與非同位素標記腸道病毒探針雜交，數小時即有結果，大大有助于臨床確診。