腸道病毒感染絕大多數病情較輕，一般都可順利恢復。新生兒全身感染影響心、腦、肝等重要器官時，病情危重，預后差。急性中樞神經系統感染也很少發生癱瘓，輕癱者恢復快，極少留下后遺癥。大流行中個別病毒侵犯延髓、腦橋者，也可危及生命。急性心肌炎大都恢復，也可發生猝死，個別患者病程遷延或反復發作，可導致慢性心肌病。
