1、 病原學檢查 是診斷肺隱球菌病的重要依據,對擬診的病例應盡可能的多次、多途徑采集標本進行涂片和培養。痰培養和涂片檢查的陽性率一般低于25%,對談涂片采用墨汁染色,可見圓形厚壁孢子,可有出芽現象。將痰標本接種于葡萄糖蛋白胨瓊脂培養基上,培養2~5d即可生長。但由于新生隱球菌可以寄居于正常人群,因此痰液甚至氣管沖洗液培養出新生隱球菌時,應根據臨床情況判斷是否為肺隱球菌感染。當AIDS患者體內分離出新生隱球菌是則應高度警惕。對懷疑肺隱球菌感染的病例,在條件允許時應盡量經有創性檢查采集組織標本,進行病原學檢測。經皮肺穿刺活檢、細針抽吸、經支氣管鏡防污染毛刷獲得的標本,經鏡檢和（或）培養出新生隱球菌則具有診斷價值。
2、 免疫學試驗 隱球菌的厚莢膜內含特異抗原性多糖體,約90%的隱球菌腦膜炎患者的血清或腦脊液中可檢出該抗原或相應抗體。但由于患者血清中可側到的抗體不多,且特異性不強,假陽性率高,因此抗體檢測的臨床價值不高。臨床常用的是抗原檢測,即應用乳膠凝集試驗檢測隱球菌莢膜多醣體抗原,這是一種簡便、快速、靈敏、特異性強的檢測方法,是早期診斷的主要手段。
3、 影像學檢查 胸部X線片多表現為雙側多發性病變,亦可為單側或局限于某一肺葉,其表現類型多種多樣：
①孤立性塊影,直徑2~7cm；
②單發或多發結節影；
③單發或多發斑片狀影,約10%患有空洞形成,常為繼發性肺隱球菌病；
④彌漫性粟粒狀陰影；
⑤急性間質肺炎型,此型少見。所有類型中鈣化和干酪性壞死罕見,可有空洞形成。