腎上腺皮質功能減退癥常見病因為腎上腺結核或自身免疫性腎上腺炎；少見的病因包括深部真菌感染、免疫缺陷、病毒感染、惡性腫瘤、腎上腺廣泛出血、手術切除腎上腺、腦白質營養不良及POEMS病等。繼發性腎上腺皮質功能減退癥，最常見于長期應用超生理劑量的糖皮質激素，也可繼發于下丘腦-垂體疾病，如鞍區腫瘤、自身免疫性垂體炎外傷、手術切除、產后大出血引起垂體大面積梗死壞死，即席漢綜合征等。
