十二指腸潰瘍應與其他可具有上腹痛征候群的疾病相鑒別，如慢性膽囊炎胃食管反流性疾病、慢性胰腺炎、膽道梗阻、胃癌胰腺癌、殘胃炎等，極少數的橫結腸病變也可引起類似的表現大多數情況下，這些疾病的其他特征常可提示其存在。但即使排除了上述所有疾病仍有50%以上的反復發作的上腹不適或消化不良癥狀不能用內鏡或影像學檢查的結果來解釋。這些病人的診斷常常被歸入“非潰瘍性消化不良”。當潰瘍病患者的疼痛加重時，需考慮穿孔或穿透的可能潰瘍病患者中劇痛雖不常見，但有時可類似于急性心肌梗死、主動脈夾層動脈瘤、膽道或輸尿管絞痛、急性胰腺炎、膽囊炎或憩室炎、絞窄性腸梗阻等所致疼痛。仔細查體(包括腹部壓疼的位置)常有助于縮小鑒別診斷的范圍。