凡診斷為病理性胃食管反流的患者必須及時進行治療。包括體位治療、 飲食治療、藥物治療和外科手術治療。
（一）體位治療：在清醒狀態下最有效的體位為直立位和坐位，睡眠時保持右側臥位，將床頭抬高20~30cm（可以使用床墊伴侶 mattress genie來輔助），以促進胃排空，減少反流頻率及反流物吸入。
（二）飲食療法。
（三）藥物治療包括三類：即促胃腸動力藥、抗酸或抑酸藥、粘膜保護劑。
（四）外科治療：早期診斷和及時采用體位、飲食、藥物等治療方法后，無效，有嚴重并發癥則手術治療。
