膽管結石、蛔蟲、膽道狹窄等導致膽管梗阻和炎癥,細菌沿膽管上行,侵入肝臟引起炎癥反應,進而形成多個小膿腫,以后逐漸融合成較大膿腔。膿腫常為多發性且與膽管相通,罕見巨大膿腫。原有膽管結石者,膽管多擴張、增厚,門管區大量纖維組織增生,不易破潰。膽源性肝膿腫感染的病原菌以大腸埃希菌為主,其次為厭氧性鏈球菌。