胎兒水腫的病因分為免疫性和非免疫性兩類。
1.免疫性水腫
主要是由于母嬰Rh/ABO血型不合，產生同族免疫反應，造成胎兒溶血性貧血，最后導致胎兒水腫。由其他同族免疫如C和E抗原或其他血型系統如Kell和Fy抗原引起者較常見。
胎兒水腫發生的病理機制包括嚴重貧血引起的缺血所導致的毛細血管滲漏，髓外造血引起的肝實質功能障礙所導致的門靜脈和臍靜脈高壓，肝功能失調引起的低蛋白血癥所導致的膠體滲透壓降低。
2.非免疫性水腫
非免疫性胎兒水腫病因比較復雜,包括心血管畸形、染色體異常、宮內感染、雙胎輸血綜合征和嚴重貧血等,造成胎兒心衰或宮內窘迫，持續激活腎素-血管緊張素系統而致胎兒水腫。此外,尚有44%胎兒水腫癥原因不明。
（1）胎盤異常。
（2）胎兒肺部畸形。
（3）心血管畸形和心功能異常。
（4）血液方面的原因，如海洋性貧血。
（5）胎兒染色體異常。
（6）子宮內感染細菌病毒，如細小病毒、鏈球菌、螺旋體、巨細胞病毒、柯薩奇病毒、弓形蟲等。