胰腺假性囊腫須與胰腺膿腫和急性胰腺蜂窩織炎鑒別。伴隨膿腫的病人常有感染表現。偶爾，假性囊腫可表現為體重下降、黃疸和觸及無痛性腫大的膽囊，常首先考慮為胰腺癌。CT掃描顯示病變為液性，提示為胰腺囊腫可做出正確診斷。增生性囊腫，還有胰腺囊腺瘤或囊腺癌,約占胰腺囊性病變的5%，術前應與胰腺假性囊腫鑒別。其確切的鑒別診斷主要依靠活檢來確定。
