1.眼內骨化
常發生在由外傷、炎癥或先天性發育異常等原因所致的長期萎縮眼內，CT和超聲波檢查可見與脈絡膜骨瘤相似的眼內骨質影像，但眼內骨化常因并發性白內障或其他的眼前段異常而無法查見眼底，影像學檢查可見眼軸短于正常眼，視力喪失及病史等有助于鑒別診斷。組織病理學檢查在化生的骨質中，多無血管成分，也無脈絡膜骨瘤中所見到的成骨細胞和破骨細胞，僅有少量的類似骨細胞樣的細胞，其細胞核小且濃縮，表明該骨質本身無增長能力。
2.脈絡膜血管瘤
脈絡膜轉移癌、眼內淋巴瘤和無色素的脈絡膜惡性黑色素瘤，形態皆非地圖狀，表面光滑無丘陵狀起伏，可伴有漿液性視網膜脫離。CT檢查無鈣化斑出現可資鑒別。
3.球壁異物
常有外傷史，CT及超聲波檢查異物性病變較為局限，如能看清眼底，鑒于球壁異物缺乏脈絡膜骨瘤特征性改變，即可明確診斷。