1.腦脊液檢查
腦壓正常，腦壓增高提示大面積腦梗死，出血性梗死CSF可呈血性或鏡下紅細胞；感染性腦栓塞如亞急性細菌性心內膜炎,CSF細胞數增高（200×10/L或以上），早期中性粒細胞為主，晚期淋巴細胞為主；脂肪栓塞CSF可見脂肪球。
2.血尿便常規及生化檢查
主要與有栓子可能來源的感染，風心病，冠心病和嚴重心律失常，或心臟手術，長骨骨折，血管內介入治療等相關，其他根據患者情況可選擇如高血壓，糖尿病，高血脂，動脈粥樣硬化等方面的檢查。
3.影像學檢查
檢查的目的是不僅明確腦栓塞的部位，范圍及水腫情況，有無出血等，而且應盡量尋找栓子的來源，如心源性，血管源性及其他栓子來源的檢查，即明確腦栓塞的病因。
（1）針對腦栓塞的輔助檢查①腦CT掃描。②腦MRI檢查。③DSA、MRA、經顱多普勒超聲檢查。④腦電地形圖、腦電圖等檢查。
（2）針對栓子來源的輔助檢查①心電圖或24小時動態心電圖。②超聲心動圖檢查。③頸動脈超聲檢查。④X線檢查。⑤眼底檢查等。