1、顱內腫瘤 腦包蟲病所致的顱內壓增高和定位癥狀與顱內腫瘤相似，常誤診為顱內腫瘤而手術，故對來自流行區有顱內壓增高的病人，應高度警惕，須作詳細而全面的體檢，特別注意是否伴有肝臟或肺臟包蟲，必要時作包蟲卡松尼皮內試驗和各種免疫學檢查，CT及MRI檢查可以確診。
2、顱內蛛網膜囊腫 其一般認為是胚胎期蛛網膜發育不良所致，在兒童和青壯年中發病率高，常好發于腦池相關部位，如側裂池等。CT和MRI檢查表現為邊界光滑的低密度、低信號囊性病變，密度或信號與腦脊液相同，無鈣化，囊內長T1長T2無強化。
3、腦部其他寄生蟲病
3.1腦囊蟲病 與腦包蟲病具有共同的臨床癥狀如顱內壓增高、癲癇發作和定位體征等，但囊蟲病可伴有皮下結節，切取后鏡檢可明確診斷。腦CT及MRI對絕大部分囊腫能作出準確的診斷，對于囊泡型腦囊蟲，尤其是巨大的單發囊泡型囊蟲，因其CT及MRI表現基本一致容易誤診。但囊泡型腦囊蟲并有時合并有其他類型的囊蟲影像。腦包蟲囊腫較腦囊蟲囊腫更圓，幾成正圓形。術中包蟲囊壁呈乳白色、粉皮樣，厚約2mm左右，腦囊蟲囊泡囊壁菲薄透明。
3.2 腦肺吸蟲大都伴有肺部及其他部位的病變，通常腹部癥狀出現最早，肺部癥狀次之。從鐵銹色痰中找到蟲卵和夏克雷登氏結晶，結合肺部X線片，塊狀典型肺吸蟲改變，不難鑒別。
3.3腦血吸蟲病 晚期病人表現為血吸蟲性肉芽腫，其反應性廣泛性腦水腫。顱內壓增高明顯，常伴有偏癱、偏身感覺障礙、失語等定位征象，有類似腦包蟲病之處，病人一般來自于流行區，有涉水史，肝及腸道受累顯著，糞便沉淀和孵化可查到蟲卵和毛蚴。乙狀結腸鏡檢查可見結腸粘膜淺表潰瘍、息肉、疤痕等病變，取組織活檢，查到蟲卵陽性率高。