垂體雖小，發生的疾病卻不少，最多見的是垂體腫瘤。垂體腫瘤絕大部分是良性的，根據腫瘤細胞能否產生激素分為功能性垂體瘤和無功能性垂體瘤兩大類。功能性垂體瘤又以腫瘤細胞生產的激素種類不同分為生長激素瘤，表現為巨人癥或肢端肥大癥；泌乳素瘤；促腎上腺皮質激素瘤，表現為柯興綜合征；以及其它少見的腫瘤。功能性垂體瘤生產的激素大大超過正常，就出現激素過多的病征。垂體激素產生不足的疾病也有不少，如垂體性誅儒（生長激素不足）、性腺功能低下（促性腺激素不足），有時整個垂體前葉功能都受損，多種激素分泌不足，如產后大出血引起的席漢綜合征。垂體后葉功能低下的病有尿崩癥（抗利尿激素不足）。
下丘腦-腦垂體疾病包括種類：尿崩癥、產后垂體前葉功能減退、溢乳癥及閉經-溢乳綜合癥、侏儒癥（幼年分泌生長激素過少）、巨人癥（幼年分泌生長激素過多）、肢端肥大癥（成年分泌生長激素過多）。