引致壞死性筋膜炎的病原菌較多，且多為皮膚、腸道、尿道的正常菌群，尤其與創傷和切口鄰近部位的正常菌群分布有關。其中常見的需氧菌有金黃葡萄球菌、A組鏈球菌、大腸埃希菌、腸球菌、變形桿菌、假單胞菌、克雷白桿菌等；常見的厭氧菌有厭氧鏈球菌、脆弱類桿菌、梭狀芽孢桿菌等；而且多由需氧菌和厭氧菌協同致病。
