特發性MN指無明確病因可尋。繼發性MN的病因中，以自身免疫性疾病最多見，其后依次是肝炎病毒感染、腫瘤、藥物及毒物。在自身免疫性疾病中，狼瘡性腎炎占絕大多數（73.5%）。
目前認為MN是一種針對正常腎小球上皮細胞膜上的抗原成分而產生的自身抗體介導的腎小球損害，免疫復合物由上皮細胞膜上脫落到腎小球基底膜的上皮細胞側而形成典型的免疫復合物沉著，繼而激活補體，形成C5b-9補體膜攻擊復合物，引起蛋白尿。病變過程中激活的細胞因子導致腎小球基底膜細胞外基質成分改變，引起基底膜的增厚，病變進一步發展。
