鏈球菌和葡萄球菌分別占自體瓣膜心內膜炎病原微生物的65％和25％。急性者，主要由金黃色葡萄球菌引起，少數由肺炎球菌、淋球菌、A族球菌和流感桿菌等所致。亞急性者，草綠色鏈球菌最常見，其次為D族鏈球菌（牛鏈球菌和腸球菌），表皮葡萄球菌和其他細菌較少見。真菌、立克次體和衣原體為自體瓣膜心內膜炎的少見致病微生物。
