SBP的致病菌大多為需氧菌，>90%的為單一菌種感染，病原菌主要來自于腸道菌群，少數來自于泌尿道、呼吸道和軟組織感染灶。革蘭氏陰性桿菌占45%-55%，以大腸埃希菌最為常見，其次為肺炎克雷白桿菌。革蘭氏陽性球菌，占10%-34%。常見肺炎鏈球菌及其它鏈球菌屬，其它少見的細菌有葡萄球菌、糞腸球菌、產堿桿菌、流感嗜血桿菌、豬霍亂沙門氏菌等。由于腹水中氧的濃度很高，故厭氧菌和非需氧菌感染少見。
