1.腦出血
深昏迷時與SAH不易鑒別，腦出血多見于高血壓，伴有偏癱、失語等局灶性神經功能缺失癥狀和體征。原發性腦室出血與重癥SAH臨床難以鑒別，小腦出血、尾狀核頭出血等因無明顯肢體癱瘓易于SAH混淆，仔細的神經功能檢查、頭顱CT和DSA檢查可資鑒別。
2.顱內感染各種類型的腦膜炎
如結核性、真菌性、細菌性和病毒性腦膜炎等，雖有頭痛、嘔吐和腦膜刺激征，但常先有發熱，發病不如SAH急驟，CSF形狀提示感染而非出血，頭CT無蛛網膜下腔出血表現等特點可以鑒別。
3.瘤卒中或顱內轉移瘤
約1.5%腦腫瘤可發生瘤卒中，形成瘤內或瘤旁血腫合并SAH，癌瘤顱內轉移、腦膜癌病或CNS白血病有時可出現血性CSF，但根據詳細的病史、CSF檢出瘤/癌細胞及頭部CT可以鑒別。
4.其他
有些老年人SAH起病以精神癥狀為主，起病較緩慢，頭痛、頸強直等腦膜刺激征不明顯，或表現意識障礙和腦實質損害癥狀較重，容易漏診或誤診，應注意詢問病史及體格檢查，并行頭顱CT或CSF檢查以明確診斷。