與Ⅰ型、Ⅲ型MPGN相比，DDD患者的整體預后最差。部分病例臨床上可獲得暫時緩解，但最終將進展為尿毒癥。約半數DDD患者在診斷后10年內進展至尿毒癥。尿毒癥DDD患者腎移植術后1--3年內幾乎全部復發，移植腎5年存活率約為50%，大大低于其他腎臟疾病的移植腎平均存活率。
除腎病綜合征為預后不良的征兆外，疾病治療過程中無緩解，疾病初期即出現腎功能減退、肉眼血尿、高血壓等臨床表現均提示預后較差。目前認為補體水平、腎炎因子及部分性脂質代謝障礙與預后無關。兒童DDD的進展與病理改變較為吻合，病理改變輕重程度，可作為判斷疾病預后的指標，臨床表現及實驗室檢查異常，對預后判斷意義不大。對預后影響較大的組織學改變，包括系膜區出現沉積物、系膜細胞增生及毛細血管腔閉塞、腎小球呈明顯分葉狀改變、腎小球硬化及新月體形成等。隨訪研究顯示新月體常是腎小球硬化、纖維化的前驅表現。在初次發病腎臟病理改變為新月體型者，治療后臨床表現無論是改善與否，其總體預后不良。