可能為神經脫髓鞘變引起舌咽神經的傳入沖動與迷走神經之間發生“短路”的結果。也可見于頸靜脈孔區、顱底、鼻咽部、扁桃體等的腫瘤,局部蛛網膜炎或動脈瘤,這些稱為繼發性舌咽神經痛。近年來顯微血管外科的發展,發現有些患者舌咽神經受椎動脈或小腦后下動脈的壓迫。