艱難梭菌廣泛分布于自然環境中，如土壤、干草、沙、一些大型動物（牛、驢和馬）的糞便，及狗、貓、嚙齒動物和人的糞便，除此之外還大量存在于水和動物的腸道中嬰兒的糞便中常含有艱難梭菌，為新生兒腸道中正常菌群，大約50%12月齡嬰兒的腸道中有艱難梭菌，2歲以上兒童的帶菌率大約為3%，但此菌在健康成人中出現頻率較低，無癥狀帶菌的成人在瑞典是1.9%，在日本為15.4%。
