隨著克羅恩病（CD）發病率的增高以及人們對該病認識的提高，其臨床診斷水平得到了大大提高，但對該病與結核和以回腸為主淋巴瘤的鑒別診斷仍較為困難。
與結核的鑒別診斷
我們進行的回顧性研究納入我院1983-2004年間住院手術患者83例，其中CD62例，腸結核（ITB）21例。
結果顯示，CD與ITB常見病變受累部位都是回腸及回盲部，但CD可累及直腸，吻合口病變為77.4%.CD縱行潰瘍占13.6%，環形潰瘍占26.7%，22.2%患者發生回盲瓣受累。ITB瘺管形成亦不罕見（14.3%）。
病理學檢查結果顯示，CD腸系膜淋巴結最大直徑為（10±3）mm，均無上皮樣肉芽腫，而ITB腸系膜淋巴結最大直徑為（18±5）mm（P<0.01），均有上皮樣肉芽腫，41.2%有干酪樣壞死。CD裂隙潰瘍較ITB多見（P<0.01）。CD的全層炎、淋巴組織增生、黏膜下層水腫均比ITB多見（P<0.05）。
患者的臨床表現、各種并發癥、實驗室檢查、腹部B超、CT以及消化道造影均對鑒別診斷幫助不大，CD的腸黏膜活檢診斷率低。因此，CD與ITB鑒別需要多方面綜合判斷，手術標本的病理學檢查對鑒別診斷有重要意義。
與淋巴瘤的鑒別診斷
另一項回顧性研究納入我院1983-2004年間住院的90例CD患者和46例淋巴瘤（IL）患者。
結果顯示，IL患者的年齡中位數顯著大于CD，約相差10歲（33.5歲對43歲，P<0.005），而IL患者的病程中位數顯著小于CD（4.0對 36.0，P=0.0001）。臨床表現中，CD患者的肛周病變有較高特異性。腸梗阻及瘺管形成在CD患者中更為常見（P<0.05）。
比較病變累及部位，60.9%IL患者的單部位受累，顯著高于CD患者（20%）（P<0.05）。腹部包塊、腹腔淋巴結腫大和腹腔積液在IL患者中多見（P<0.05），而X線表現異常的IL患者中，充盈缺損、管壁僵硬、腸套疊多于CD（P<0.05）。IL的結腸鏡活檢確診率為61.1%，而CD非特異性炎性改變占82.1%.
研究顯示，克羅恩病與腸道淋巴瘤的診斷與鑒別診斷難度較大。年輕且病程長伴肛周病變者，更支持診斷CD，IL的內鏡活檢診斷意義較CD更為重大。