醫學
芽孢桿菌產生的抗菌物質一般具有廣泛的抑菌譜，能殺傷包括耐藥菌株在內的細菌、某些真菌、寄生蟲、部分病毒以及腫瘤細胞等，并且有結合脂多糖、中和內毒素等作用，因此引起了科學家和醫務工作者的廣泛關注。芽孢桿菌制備的微生態制劑在治療腸道菌群失調癥、治療念珠菌感染、預防瘡面感染等醫療過程中發揮了重要的作用。
環保
地衣芽孢桿菌和枯草芽孢桿菌的代謝產物聚-γ-谷氨酸可用于降解塑料，還可作為沙漠保水劑。側孢短芽孢桿菌可以將4-羥基苯甲酸丙酯轉變為龍膽酸。此于處理工業廢水和降解環境中的有毒物質，如多環芳烴、石油、有機磷農藥、有機氯農藥。多黏類芽孢桿菌產生的胞外多糖和胞外蛋白，可用作絮凝劑處理污水。