苯乙酸睪酮抑制破骨細胞的骨吸收，還可能刺激成骨細胞形成，尤其是骨膜下皮質骨。苯乙酸睪酮的代謝的產物，尤其是雌激素，可能是雄激素對骨骼作用的主要調節劑。
骨質疏松在男子中較為常見，性腺功能低下是男子骨質疏松的一個主要危險因素。經促性腺激素激動劑（GnRH-a）治療或者睪丸切除后，骨質密度迅速下降，這可能說明，性腺甾體在維持骨質密度方面有重要的作用。許多關于中老年男子的研究發現，苯乙酸睪酮治療可以降低骨吸收方面的生化指標，而升高皮質骨和骨小梁的骨質密度。
