酵母蛋白
真菌中的酵母在食品加工中應用較早，包括釀造、烘烤等食品。酵母中蛋白質的含量超過了干重的一半，但相對缺乏含硫氨基酸。另外，由于酵母中含有較高量的核酸，若攝入過量的酵母蛋白則會造成血液的尿酸水平升高，引起機體的代謝紊亂。
細菌蛋白
細菌蛋白的生產一般是以碳氫化合物（如天然氣或瀝青）或甲醇作為底物，它們的蛋白質含量占干重的3/4以上，必需氨基酸組成中同樣缺乏含硫氨基酸，另外它們所含的脂肪酸也多為飽和脂肪酸。
這兩種微生物蛋白一般不能能夠直接食用，需要除去其中的細胞壁、核酸和灰分等雜質，其原理在工藝上與大豆的加工處理類似。細菌蛋白提取處理后得到細菌分離蛋白，它的化學組成與大豆分離蛋白相近，并且在補充含硫氨基酸以后，它的營養價值與大豆分離蛋白也相近。
藻類蛋白
以小球藻和螺旋藻最引人注目，它們是在海水中快速生長的兩種微藻，二者的蛋白含量分別為50%、60%（干重），必需氨基酸中除含硫氨基酸較少外，其他的必需氨基酸卻很豐富。