菌株（在非細胞型的病毒中則稱毒株或株）是指從不同來源的標本中分離而得的相同菌種，它表示任何由一個獨立分離的單細胞（或單個病毒體）通過無性繁殖而成的純遺傳型群體及其一切后代。因此，一種微生物的每一不同來源的純培養物或純分離物均可稱為某菌種的一個菌株。如培養傷寒桿菌時可從血液中、骨髓中、糞便中、膽汁中進行分離培養，而以膽汁中者最為良好，稱為標準株。
