菌落，亦稱集落。一定種的單個菌體或孢子在一定的固體培養基上生長繁殖后形成的肉眼可見的微生物聚集體。
在培養基表面生長的菌落，叫表面菌落；在表面下生長的菌落，叫埋藏或深層菌落。不同的微生物形成的菌落有不同的特征，是鑒定菌種的重要標志。
各種微生物在一定條件下形成的菌落特征，如大小、形狀、邊緣、表面、質地、顏色等，具有一定的穩定性，是衡量菌種純度、辨認和鑒定菌種的重要依據。菌落特征與微生物的菌體形態結構特征密切相關。例如，細菌、酵母菌不形成菌絲，其菌落僅生長在固體培養基表面，與培養基結合不緊密，可用接種工具將其全部挑起；而放線菌、霉菌的菌體大多分化為營養菌絲與繁殖菌絲，營養菌絲深入培養基中吸取營養，具有與培養基結合較緊，不易挑起等特征。