治療
外科手術或內置性靜脈插管或導尿管相關性短暫的菌血癥常不易測知，一般不必治療。但若患者有瓣膜性心臟病，血管內假體或接受免疫抑制劑，則應預防性應用抗生素以預防發生心內膜炎。較為嚴重的菌血癥的預后取決于兩個決定因素：首先取決于迅速而徹底的查明感染源；第二是取決于原有的疾病及其伴隨的功能障礙等情況。創傷性內置物，特別是靜脈內和尿路內插管應迅速清除。在獲取革蘭染色和細菌培養等化驗標本后，應立即按經驗給予抗生素治療。某些病例（如內臟破裂，子宮肌層炎伴膿腫，腸或膽囊壞疽）必須手術治療，大的膿腫必須切開引流，壞死組織應清除。因肺，膽道或尿路感染而使菌血癥持續不退者，若無梗阻及膿腫形成，一般用抗生素治療通常可獲成功。若為多器官衰竭，常發現有多種細菌（多菌種性菌血癥）則預后不佳。延誤抗生素治療或外科治療者，死亡率明顯增加。
預防
一切明顯的或隱匿的化膿性病灶如能及早予以清除，菌血癥的發生就可以減少。小兒時常見的傳染病如麻疹、流行性感冒、百日咳等每易繼發較重的呼吸道細菌感染，從而發生菌血癥。對這類病兒，必須加強保護。對不論多么細小的皮膚創傷必須予以重視，早作適當處理。