1、本藥對溶解纖維蛋白的特異性低，易產生全身性溶栓并發癥。表現為：
(1)出血：可為大量出血或致命性的中樞神經系統出血。如為注射部位出現血腫，則不需停藥。
(2)變態反應：常引起中等發熱，但過敏反應少見。
(3)血栓脫落：未完全溶解的血栓脫落并不常見。
(4)再栓塞：溶栓后，由于最初觸發血栓的內皮暴露，未完全溶解的血栓殘核可再致栓，溶栓藥促發血小板活化，溶栓酶促進FVa活化以及導管促使血管痙攣、血管受損加重等因素，可使溶栓已成功的部位再發生血栓。
(5)經冠狀動脈注射本藥時，再灌注心律失常(也是冠狀動脈再通的標志)的發生率較高，最常見的是加速性室性自主心律及頻繁室性早搏。
2、少數患者用藥后可能有發熱、寒戰、頭痛、不適等癥狀，可給予解熱鎮痛藥對癥處理。
3、來源于細菌的鏈激酶制劑，應用后易發生異體蛋白反應(如發熱、低血壓、蕁麻疹、皮疹、支氣管哮喘等)。
4、靜脈炎：鏈激酶滴注部位發生的靜脈炎是很常見和棘手的。
5、背痛：本藥在靜脈滴注時可引起嚴重的背下部痛，停藥數min后可緩解，但有時需用阿片類鎮痛藥緩解。