腎小管間質性腎炎葡萄膜炎綜合征目前尚無滿意的診斷標準Mandeville等擬定了一個診斷標準，規定了急性間質性腎炎的診斷標準和葡萄膜炎的特征根據診斷的參數，將其判定為確定型腎小管間質性腎炎葡萄膜炎綜合征疑似腎小管間質性腎炎葡萄膜炎綜合征和擬腎小管間質性腎炎葡萄膜炎綜合征3種類型。
一般認為根據典型的腎臟損害雙側非肉芽腫性前葡萄膜炎等表現即可做出診斷但有時患者的葡萄膜炎可出現于腎臟損害之前，或腎臟損害之后數月始發生葡萄膜炎，這樣給診斷帶來一定的困難因此不但要詳細詢問病史，還應注意隨訪觀察以明確診斷。
由于患者多有發熱、乏力、惡心嘔吐體重減輕腹痛等全身非特異性表現所以對出現雙眼非肉芽腫性前葡萄膜炎患者均應進行血、尿等方面的檢查以免延誤診斷。
由于此綜合征的雙側非肉芽腫性前葡萄膜炎不具有特征性，所以對這些患者應注意排除其他能夠引起前葡萄膜炎的病因和其他特有的類型其中主要的有幼年型慢性關節炎伴有的葡萄膜炎類肉瘤病性葡萄膜炎和Sj?gren綜合征、血清陰性的椎關節病變等
幼年型慢性關節炎伴有的葡萄膜炎多發生于少年兒童且多為女性，葡萄膜炎也表現為雙側非肉芽腫性炎癥這些都與腎小管間質性腎炎葡萄膜炎綜合征的表現相似但前者往往有關節炎(主要為膝踝關節)病史葡萄膜炎典型地表現為隱匿發病和慢性經過，常出現帶狀角膜變性并發性白內障和繼發性青光眼等并發癥抗核抗體多為陽性患者無腎臟損害的實驗室檢查異常，這些都有助于。
兩種疾病的鑒別。
類肉瘤病可引起腎臟損害和葡萄膜炎，且免疫球蛋白水平往往增高與腎小管間質性腎炎葡萄膜炎綜合征引起的相似但類肉瘤病引起的葡萄膜炎多為肉芽腫性前葡萄膜炎或全葡萄膜炎，多引起肺門淋巴結腫大和肺部病變，血清血管緊張素轉化酶溶菌酶水平升高，這些都有助于鑒別診斷。
Sj?gren綜合征常表現為間質性腎炎部分患者抗核抗體類風濕因子抗DNA抗體陽性，這些與腎小管間質性腎炎相似，但其通常發生于30～50歲眼部主要表現為眼干燥而不是葡萄膜炎根據這些一般不難做出鑒別診斷。