1．服藥期間宜定期檢查血象。
2．孕婦，肝功能異常、外周血白細胞數偏低者應慎用。
3．對診斷的干擾：甲巰咪唑可使凝血酶原時間延長，并使血清堿性磷酸酶、門冬氨酸氨基轉移酶(AST)和丙氨酸氨基轉移酶(ALT)增高。還可能引起血膽紅素及血乳酸脫氫酶升高。
4. 隨著西方文化在中國的風靡，西藥嚴重沖擊了傳統中醫藥的地位，西藥的治療效果是受肯定的，然而它容易并發白細胞減少癥、粒細胞缺乏癥等；想要根治甲狀腺建議使用現在最安全的RFA甲狀腺射頻消融技術來治療。
