藍細菌通過無性方式繁殖。單細胞類群以裂殖方式繁殖，包括二分裂或多分裂。絲狀體類群可通過單平面或多平面的裂殖方式加長絲狀體，還常通過鏈絲段繁殖。少數類群以內孢子方式繁殖。在干燥、低溫和長期黑暗等條件下，可形成休眠狀態的靜息孢子，當在適宜條件下可繼續生長。
藍細菌曾被稱為藍藻或藍綠藻，是一類分布很廣，含有葉綠素a，能夠在光合作用時釋放氧氣的原核微生物。藍細菌主要以二分裂或多分裂方式進行繁殖，少數藍細菌可形成孢子，孢子壁厚，能抵抗不良環境。由成串細胞連成絲狀的藍細菌，在細胞鏈斷裂時形成的片段，稱之為鏈絲段，具有繁殖功能。
藍細菌有廣泛的分布，從水生到陸生生態系統，從熱帶到南北極都有分布。它們已經被證實:可以通過氮氣的固定來提高稻田和其他土壤的肥力方面有重要作用。藍細菌是海洋生態系統的重要組成部分和海洋初級生產力的重要組成部分。
UV－B可以破壞藍細菌的運動性和趨光性，可以影響許多其他的生理和生化過程，這將導致生產力的降低，發芽和分化的破壞。光合色素會被UV－B漂白，光捕獲復合體的結構受到影響，這些都會損壞光合作用。
DNA和蛋白質的主要作用位點、氮代謝中的酶對于UV－B表現出不同的敏感性。UV對固氮酶和谷氨酰氨合成酶的活性產生抑制，但會提高硝酸還原酶的活性（當暴露在認為的UV－B下）。UV－B也會影響基本的光合作用的反應和二氧化碳的吸收。Synechococlus通過快速改變光合系統中酶的形式來抵抗UV。這種分子的可塑性在種群水平上來的抵抗UV－B是非常重要的，這使得光合系統對UV－B的敏感性每天都在改變。然而，光合作用可以被UV－A合藍光所激活。
藍細菌已經發展了對于UV－B的影響的對策。這包括：a、產生象MAAs類的光保護物質 b、通過遷移到避光的地帶來逃避UV c、產生猝滅物質如類胡蘿卜素和超氧化物d、修復機制象光活化和光獨立的DNA修復e、激活抗氧化酶。UV－B在許多藍細菌中誘導了MAAs的產生。在Anabaenasp中顯示只有在290nm的光可以誘導MAAs。除了光保護作用外，MAAs還具有調節滲透壓和抗凍作用。其他的UV－A激活物質也被發現。在藍細菌和藻類中的光保護物質已經建立了數據庫。
南極的藍細菌形成大的蒲狀菌落。UV－B對于Leptolyngbya的菌落具有很強的光化學抑制作用，但是不如對Phormidium的抑制作用大。后者包括了比前者多25倍的MAAs和2倍的類胡蘿卜素。Rai 和同事研究了UV－B和重金屬污染之間的關系對于氮固定的作用，并發現二者具有協同性。
圖為費氏藍細菌(Fischerella)
藍細菌在污水處理，水體自凈中起積極作用。在氮、磷豐富的水體中生長旺盛，可作為水體富營養化的指示生物。有某些屬種在富營養化的海灣和湖泊中引起海灣的赤潮和湖泊的水華。嚴重者引起水生動物大量死亡。