與糖胺聚糖共價結合的多肽鏈稱核心蛋白（core protein），它的種類很多，Mr從約2萬~25萬，其中不少于已測得其氨基酸序列。核心蛋白具有以下幾個特點：
（1）多數核心蛋白含有幾個不同的結構域；
（2）所有的核心蛋白都含有相應的糖胺聚糖結合結構域；
（3）某些蛋白聚糖可通過核心蛋白中的特定結構域，錨定在細胞表面或細胞外基質的大分子上；
（4）有些核心蛋白尚含有具特異相互作用的結構域。
